石慧派人暗中盯着杨素长子果然寻到了杨公宝库所在, 杨公宝库机关重重, 所在隐秘, 一般人便是寻到了地方，没有地图想要进出也不容易。
只是杨素倒霉，碰上了石慧这个机关一道并不弱于鲁妙子的人。或许也并非杨素倒霉，杨素府中子嗣并没有太成器的, 这宝库在他之后能不能守住都是个问题。寻到杨公宝库所在, 石慧并没有急着动手, 她一直等，等到宝库完工，杨素着手准备杀人灭口。
杨素以亲信守住宝库将工匠聚集在一处，骗他们喝下毒药, 没有饮下毒药的，便令亲兵出手诛杀, 再封闭宝库。这些负责灭口的人回到府中免不得一样被灭口，如此世上知道杨公宝库秘密的便只剩下杨素父子。
杨素只收着藏宝图，却不知道螳螂捕蝉黄雀在后, 有人已经躲在暗中来了一招偷天换日。石慧以龟息散调换了杨素准备的毒药，等杨素的人离开, 重新打开了宝库，利用这些工匠将其中的机关都改了一遍, 连出入口的位置都重开了。
待一切结束，将宝库的工匠全部带走养在了别处的庄子上以待他用。要知道杨素位高权重，网络的都是国中的能工巧匠, 石慧如何舍得将这些人灭口。她救了这些匠人，又将他们安置去处，接了家人团聚，这些人自然感念她的恩情，为她做事。
石慧少不得在其中走了一遭，这杨公宝库所藏宝物委实出人意料。所藏宝物件件精妙，其中金银器物更是不计其数，只怕比得上国库半数。除却金银财宝还有许多兵器，足以组建一支十万人的军队。
且不说石慧暗中将杨素搜刮了一辈子的藏品都劫走了，重开杨公宝库后，工匠之中却没有发现设计宝库的鲁妙子。看来鲁妙子也料到杨素会过河拆桥已经金蝉脱壳了。少了鲁妙子却多出了一个人，一个他们以为失踪的人邪王石之轩。
石之轩竟然将自己连同邪帝舍利一起冰封在了宝库中。他这也算是自投罗网了，既然这么爱冰封，石慧索性成全了它，直接加固了冰封，又将山洞中填入碎石，封住了洞口，却随手带走了邪帝舍利。
石慧随手带走邪帝舍利不过是担心这东西能够让石之轩随时苏醒，或是魔门的人得到消息为了邪帝舍利将石之轩唤醒。只是没想到这邪帝舍利邪异的很，一般手段竟然无法毁去，还总是时时刻刻仿若在召唤人去吸取它的力量。以石慧的实力自然不会收其所惑，只是带在身边怕对孩子们不好，又不知放在什么地方才算的安全，当真有些令人困扰。
除却杨公宝库之事，石慧又择选了两名弟子，为宋阀的宋师道和李阀李建成，每月初三接纳其余各家弟子求教。因只受了宋阀和李阀弟子，独孤阀与宇文阀颇有不满，只一时也寻不到错处。
宇文成都因拜师被拒，初时不悦，每月必上门“求教”，如此次心悦诚服，虽然不得成为入室弟子，亦尊为老师。如此匆匆三年而过，上皇驾崩，太子杨广登位，改元大业，营建东都，迁都洛阳，历时十个月，每月征调民夫二百万人。同时下令勘测河道，有意挖掘大运河。
年底，皇帝忽然得一怪疾，头疼如虫入脑，宫中御医束手无策，向民间征召名医，无果。大业二年春，备受皇帝宠幸的宇文阀举荐大宗师赵夫人入宫为皇帝诊疾。
皇帝病痛稍止，对石慧便倚重几分，允其随意入宫。皇帝乃天下至尊，坐拥天下，只是坐上了这个位子便越发怕死了，想求长生。杨广虽然年纪不大，然初登皇位便被病痛折磨了大半年夜不能安眠，自对健康颇为看重。
及至石慧展露了医术之外，又展现了养生之法，皇帝越发爱重，时常请石慧入宫论道。初时只论长生之道，后皇帝发现这位大宗师于如何娱乐方面亦颇有心得，话题便越发拓展开了。
独孤皇后在世，杨广一心与萧氏扮演恩爱夫妻行事朴素，并不纳妾。然自皇后与先帝山崩，杨广却仿若要将不曾享受的都享受一遍。虽然先帝新丧不宜采选美人进宫，只这后宫美人都得了个雨露均沾，便是病时，也是日夜有美人相伴，衣食住行也日渐奢侈起来。
自石慧入宫为皇帝治病调理身体，皇帝却修身养性起来，对美人也没有那么贪恋了。故此，皇后萧氏亦对她颇为推崇，将长子杨昭交托门下受教。至于好色的皇帝为何忽然不那么贪花好色，自是因为石慧给他开了一剂清心散。这清心散吃多了莫说欲念，便是那七情六欲都要寡淡不少。
自运河开挖之后，各地增加了不少苛捐杂税，又要抽调民夫。下面官员趁机搜刮民脂民膏，又不爱惜民力，导致抽调的徭夫死伤极多。石慧一面令人搜集证据，由朝中耿直官员上奏揭露，她在旁提醒如此将延误工时。
皇帝寡情，并不爱惜百姓，只听说延误工时，到底不悦，因此很是处置了一些官员。石慧便趁机举荐一些耿直官员及各门阀中的一些年轻公子。当年石慧虽然只收了宋师道和李建成入门下，但以宇文成都为首的少年公子也时常上门求教，算的半个门生。
石慧出手大方，便不是亲传弟子，若进步大的也时常有厚赠，或武功秘籍，或失传的书册等，故此引得许多年轻子弟上门求教。因门庭若市，石慧干脆开了一院子，置藏书阁，除却每月初三亲临，平日这些年轻人也可千万或以文会友，或比武切磋。
各大世家得了实际好处，自不会有异议。却不知道石慧之所以不将这些孩子收入门下，新立宗门，只广而教化，不过是麻痹门阀世家罢了。
上门求教的人都是年轻人，尤其以二十岁下的年轻人为主，这些年轻人最容易接受新的思想。石慧便是将一些思想夹带其中，弱化他们对门阀的忠心，加强大局观。门阀弟子自小受教家族，所接受的思想都是维系家族利益，石慧却鼓励他们发掘自己的潜力，有自己的理想和目标，推行大义。
借着皇帝信任，举荐这些年轻人入朝，虽然年轻，却锐意革新。石慧是女子，自己又不如朝堂为官，夺取他们的权利，还大方的指点各家年轻子弟，加以举荐。世家阀门见了自然不会将她视为敌人，只当人家大宗师追求的道如此，在效仿那有教无类，弟子三千的圣人罢了。