同年十二月，董福祥全军投降清军刘松山部。
董福祥投降清军后，刘松山赏识其军事才能，委以前敌总指挥。董福祥所部经过精减，被编为“董字三营”。
董福祥率领“董字三营”，冲锋陷阵，屡立战功，很快打消了左宗棠、刘松山等人对其的疑虑。
同治八年（1869年）12月11日，董福祥在攻打吴忠的战斗中亲身肉搏，虽受伤不下火线，为夺取吴忠立下头功，左于是同意正式将董字三营编入官军序列，成为刘松山手下的一支劲旅。
同治九年（1870年）2月，在金积堡战役中，刘松山不听董福祥的劝告，亲自前往马化龙营中受降，不料中弹身亡，临终前他将侄子刘锦棠托付与董福祥，董福祥遂忠心辅佐刘锦棠。
同治十年（1871年）3月2日，马化龙在被围将近两年后投降，被刘、董以藏匿武器的罪名处死。董福祥其后受命镇守金积堡，将其改建成董部的大本营。
同年，董福祥用开花炮猛轰马家滩回民军堡寨，回军死伤惨重，一日之内回寨尽毁。
同治十一年（1872年），董福祥率部进军河州，打败甘肃回军马占鳌部，迫使马占鳌投降，被提拔为参将。董福祥在战斗中对待敌军十分凶残，“以鲜血染红顶子”这句名言便是出自董福祥之口。
同治十二年（1873年）9月，董福祥进剿西宁回军，回军首领白彦虎连吃败仗，逃入中亚。
光绪元年（1875年），左宗棠率大军以刘锦堂为先导，“董字三营”为主力，西征新疆，反击阿古柏侵略势力。“董字三营”系西北土生土长的部队，不惧风沙，冲锋在前，大破天山木里河、古牧地后，一举收复乌鲁木齐，攻克玛纳斯城，首战告捷。
光绪三年（1877年）4月：左宗棠令诸军三路并进，直取南疆，董福祥率甘军翻越天山，急行军1200多里，攻克南疆门户达坂城，杀敌甚众。接着步马兼程，收复托克逊城，俘敌2万余众。五月，阿古柏被部下所杀，白彦虎向俄境逃窜。八月，清军开始追歼南疆残敌，董军任先锋，接连攻克喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等城，接着又马不停蹄，穿越人迹罕至的塔克拉玛干沙漠，收复了喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌以及和阗四城。至此，南北疆全部收复。阿古柏政权灭亡后，英俄对此并不甘心，仍然扶持残部不断窜扰中国西部边境，董福祥率军驻守喀什噶尔，屡歼入侵之敌。
光绪四年（1878年）1月，新疆除伊犁外，宣告占领全境。董福祥自此名震新疆，被叙为战功第一，加封云骑尉世职，任阿克苏总兵，赐号阿尔杭阿巴图鲁。
光绪五年（1879年），布鲁特酋阿布都勒哈反叛，董福祥在两日一夜之内，率部急驰300余里，在木吉击溃叛军，歼敌2000余人。
光绪十六年（1890年），擢为喀什噶尔提督，总统南疆军事，光绪十七年（1891年）调任乌鲁木齐提督。
董福祥在新疆驻守19年，御敌戍边，兴修水利，开垦屯田，整修道路，政绩卓着，赢得朝野赞誉。
光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发，董福祥晋尚书衔，奉旨率甘军入卫京师，屯驻蓟州一带，受到慈禧的接见和赏识。
光绪二十一年（1895年），甘肃河州、湟中等地又爆发回族和撒拉族的农民起义，董福祥被任命为甘肃提督，率部进剿，平定匪乱后加封为太子少保，赏赐骑都尉世职。
光绪二十三年（1897年），董福祥奉命率甘军进京。戊戌政变后，董军被编入武卫军，成为北洋三军之一。董福祥任武卫军统领，驻防直隶、山西。
光绪二十五年（1899年），董福祥复任甘肃提督。
当时京津一带爆发了规模很大的义和团运动，清军中一些将领和义和团的关系很密切，董福祥就是其中之一。
光绪二十六年（1900年），庚子事变爆发，慈禧太后为加强宫廷保安，召董福祥入京。6月9日董福祥率部进入北京，驻守永安门。6月11日，董部奉命开入永定门，刚好日本使馆书记生杉山彬乘车欲出城郊探望经清廷总理衙门批准到使馆区保卫日本使馆的日本警卫队24人，董军营官喝问“何人”，杉山彬据实回答，然未说完已被营官抽刀刺杀，其尸体被甘军肢解，并剖腹取出腑脏，塞入马粪，再弃于路旁。
6月20日，清廷命令荣禄攻打使馆区，荣禄因怕当替罪羊负责任，先是装病交出兵权，后因懿旨难违，便命没有大炮只有土炮的董福祥部围攻东交民巷的使馆区，而按下自己有德式装备的武卫中军。董部甘军自6月20日至6月23日一连四天每日发炮三百多发，但无法对使馆区造成大损害。6月25日，荣禄奉旨停攻使馆，并派人送西瓜蔬菜等慰问品到各国使馆，又派人假扮走私贩将大量先进德制后膛枪等军火入使馆以加强使馆区的防卫。6月28日，甘军又恢复攻击，其后打打停停五十余日直至8月14日，始终未能攻下使馆区。
8月14日，八国联军自通州攻打北京，董福祥率军在广渠门与英国军队作战，下午2时，广渠门被攻占，董福祥后撤至东便门、朝阳门、正阳门一带继续抵抗，击毙沙俄军团长安宁科夫，击伤其将军。8月15日，慈禧携光绪帝西逃，董福祥担任随扈大臣。10月26日抵达西安。
清政府与八国联军议和期间，董福祥被八国指控为“首凶”，要求清政府将其处死。慈禧因其护驾有功，百般回护，最终以革职永不叙用论处。董福祥对此一决定非常不满，一度计划自行招募军队赴山西继续战斗。
慈禧恐其破坏和谈，令光绪帝赐其手书“他日闻鼙鼓思将帅，舍尔其谁属哉”，要求他守时待变，以图再举，董福祥方才回乡隐居。
从抗击外国人侵略的角度看，说民族英雄都不过分。
不过，萌总裁也正是担心董福祥这种人，心中还存着对清廷的忠义之心，会反复变化，才害怕左宗棠又跑到甘肃拉着董福祥继续跟华国做对。
左宗棠和他手下的这一大批战将，是一股一股不肯归附华军和华国的势力的最后的希望了！